Identificación del virus de hepatitis delta genotipo 3 en comunidades andinas y amazónicas del Perú

Introducción. El virus de la hepatitis delta (VHD) es el causante de la forma más severa de la hepatitis viral humana, se asocia con un riesgo alto de fibrosis al hígado y carcinoma hepatocelular (HCC). Existen 8 genotipos del VHD con diferente distribución geográfica. Objetivos. Identificar los genotipos del VHD circulante en Huanta y tres pueblos indígenas de la Amazonía peruana. Métodos. Estudio observacional y transversal, realizado en 582 muestras reactivas para anti-HBc del VHB. Por el método nRT-PCR se procesaron todos los anti VHD positivos, el genotipo fue determinado mediante secuenciamiento directo tipo Sanger y análisis filogenético del fragmento R0. Se utilizaron 111 secuencias de referencia del GenBank. Las 42 secuencias del estudio fueron editadas y ensambladas con programas bioinformáticos. El análisis filogenético y evolutivo se realizó con los programas: Beast V2.5.2, Jmodeltest v2.1.10, Tracer v1.7.1, Tree Annotator y Figtree v1.4.4. Se utilizaron los modelos Bayesianos Yule y Birth Death skyline serial, el MCMC en 30 y 80 millones respectivamente, con el relaxed uncorrelated Exponential molecular clock. Se calcularon las medidas de resumen y de tendencia central utilizando el programa en STATA 14.0. Resultados. La media de la edad fue de 38 años, el 52,8% fueron mujeres. 101 muestras fueron positivas para anticuerpos anti-VHD. El ARN del VHD fue detectado en el 49,5% de las muestras reactivas a ELISA anti-VHD. El análisis filogenético determinó la presencia del genotipo 3. Conclusiones. Se evidencia la presencia del genotipo 3 del VHD en comunidades andinas y amazónicas del Perú.

Introduction. The Hepatitis Delta Virus (HDV) is the cause of the most severe form of human viral hepatitis and is associated with a high risk of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma (HCC). There are 8 HDV genotypes with different geographic distribution. Objectives. To identify the genotypes of VHD circulating in Huanta and three indigenous peoples of the Peruvian Amazon. Methods. Observational and cross-sectional study, from 582 reactive samples for anti-HBc-HBV. Anti-HDV positive samples were processed with the nRT-PCR method, genotype was determined by direct Sanger-type sequencing and phylogenetic analysis of the R0 fragment. 111 reference sequences from GenBank were used. The 42 sequences of the study were edited y assembled with the bioinformatics programs. Phylogenetic and evolutionary analysis was performed with the following software: Beast v2.5.2, Jmodeltest v2.1.10, Tracer v1.7.1, Tree Annotator and Figtree v1.4.4. The Bayesian Yule and Birth Death skyline serial models were used, the MCMC at 30 and 80 million respectively, with the relaxed uncorrelated Exponential molecular clock. Summary and central tendency measures were calculated using the program in STATA 14.0. Results. The mean age was 38 years, 52.8% were women. 101 samples were positive for anti-HDV antibodies. HDV RNA was detected in 49.5% of the anti-HDV ELISA reactive samples. Phylogenetic analysis determined the presence of genotype 3. Conclusions. The presence of HDV genotype 3 in Andean and Amazonian communities of Peru is evidenced.

Plataforma laboratorial para monitorear el SARS-CoV-2 basada en la vigilancia de influenza y otros virus respiratorios en Perú / Laboratory platform for monitoring SARS-CoV-2 based on surveillance of influenza and other respiratory viruses in Peru

RESUMEN En el Perú, la pandemia de la COVID-19 ha evidenciado la utilidad de tener un sistema de vigilancia laboratorial estructurado y en funcionamiento desde hace 22 años, basado en la vigilancia de influenza; inicialmente en modalidad de unidades centinela, y después fortaleciéndose e innovándose, con recursos propios y con apoyo externo, para generar información de calidad. Se han implementado avances biotecnológicos para la confirmación diagnóstica e incrementado las capacidades de la red nacional de laboratorios, manteniendo la eficiencia, considerando las diversas y complejas realidades de los niveles regionales, y superando dificultades de comunicación y articulación entre instituciones. Resulta necesario consolidar este sistema, con trabajo colaborativo y coordinado entre sus componentes, impulsando su eficacia y oportunidad y promoviendo la vigilancia genómica de nuevos virus y variantes, como actualmente ocurre con el SARS-CoV-2.

ABSTRACT In Peru, the COVID-19 pandemic demonstrated the usefulness of having a structured laboratory surveillance system that has been operational for 22 years, based on influenza surveillance; initially in the form of sentinel units, and later strengthened and innovated, with its own resources and with external support, to provide quality information. Biotechnological advances have been implemented for diagnostic confirmation and the capacity of the national laboratory network has been expanded, maintaining efficiency, considering the diverse and complex realities of each region, and overcoming difficulties regarding communication and articulation between institutions. It is necessary to consolidate this system, with collaborative and coordinated work between its components, boosting its effectiveness and timeliness and promoting genomic surveillance of new viruses and variants, as is currently the case with SARS-CoV-2.

Seroprevalencia de la infección por el virus SARS-CoV-2 en estudiantes de pregado de ciencias de la salud de una universidad pública / Seroprevalence of SARS-CoV-2 virus infection in undergraduate health sciences students from a public university

RESUMEN Introducción. El primer caso de COVID-19 en el Perú fue reportado el 5 de marzo del 2020 y se declaró el aislamiento social el 16 de marzo, quedando con ello interrumpida la actividad académica en las instituciones educativas. Objetivo. Determinar la seroprevalencia y los factores de riesgo asociados a la infección por SARS-CoV-2 en estudiantes de pregrado de una facultad de medicina en una universidad pública. Métodos. Estudio descriptivo, transversal mediante una encuesta serológica a una muestra aleatoria representativa de la población de estudiantes de pregrado de ciencias de la salud, utilizando una prueba rápida para la detección de anticuerpos IgG, IgM, o ambos, mediante la toma de muestra de sangre total del pulpejo de dedo. Resultados. Para el mes de agosto del 2021, el 24,92% (IC95% 18,2-33,0) de los estudiantes de ciencias de la salud presentaron anticuerpos contra el SARS-CoV-2, de ellos el 21,2% a IgG, 2,3% a IgM y 0,8% a ambos, el 75,08% (IC95% 66,9-82,0) no presentaron anticuerpos. Conclusiones. La seroprevalencia en estudiantes no muestra diferencia con la seroprevalencia de la enfermedad en la población general. Por lo tanto, para reiniciar las actividades académicas presenciales, esta población debe ser vacunada y debe cumplir además con las medidas no farmacológicas para la prevención y el control de la pandemia como son la ventilación natural de los ambientes, el uso de medidas de protección personal- mascarillas, lavado de manos y el distanciamiento físico.

ABSTRACT Introduction. On March 5 2020, the first case of COVID-19 was reported and on March 16, order of quarantine was issued which resulted in interruption of academic activities. Objective. Determine the seroprevalence and risk factors associated to SARS-CoV-2 infection in undergraduate students of the school of medicine in a public university. Methods. Descriptive cross-sectional study by means of a serology survey to a representative sample of the population of undergraduate students of a health sciences school using a rapid test to detect antibodies IgG, IGM or both in a total blood sample by digital punction. Results. On August 2021, 24,92% (IC95% 18,2-33,0) of students of health sciences tested positive for antibodies anti SARS-CoV-2, 21,2% for IgG, 2,3% for IGM and 0,8% for both; 75,08% (IC95% 66,9-82,0) tested negative antibodies. Conclusions. The seroprevalence in students was not different from the seroprevalence in general population. Therefore, in order to restart presential academic activities this population must be vaccinated and other nonpharmacological requirements should be accomplished for prevention and control of the pandemics such as natural ventilation of classrooms, use of personal protection equipment - masks, hand washing and keeping physical distancing.

Validación y evaluación de una prueba de RT-PCR en tiempo real in house para la detección de SARS-CoV-2 usando un gen específico RdRp y control endógeno GAPDH / Validation and evaluation of RT-PCR real time in house test to detection of SARS-CoV-2 using specific RdRp gene and GAPDH endogen control

RESUMEN Se validó y evaluó un método de RT-PCR en tiempo real usando cebadores y sondas específicas para los genes RdRP de SARS-CoV-2 y GAPDH de humanos; este último fue usado como control endógeno. Se evaluó la especificidad y sensibilidad; además, se evaluó otros parámetros como la robustez, la repetibilidad, reproducibilidad, comparabilidad y el límite de detección. La sensibilidad, especificidad, los valores predictivos positivo y negativo, la robustez, comparabilidad y la repetibilidad-reproducibilidad de la prueba de RT-PCR en tiempo real dúplex fue de 100%, con un límite de detección de 100 copias/µL, de acuerdo con los criterios de aceptación establecidos para validación del protocolo. Esta prueba estandarizada es una buena alternativa para el diagnóstico de COVID-19; además, la prueba fue aplicada de manera exitosa en personas sospechosas de la enfermedad permitiendo controlar el número de falsos negativos.

ABSTRACT The present work validated and evaluated a duplex real-time RT-PCR using specific primers and probes for genes RdRp from SARS-CoV-2 and GAPDH from humans; the latter was used as an endogenous control in all reactions. We evaluated the specificity, the sensitivity, the robustness, the reproducibility, the repeatability, the comparability, and the limit of detection. The predictive positive and negative values (PPV and PNV, respectively) and all the parameters evaluated using our duplex real-time RT-PCR was 100%. The detection limit was 100 copies/µL according to the acceptance criteria established for the validation of this protocol. Our duplex real-time RT-PCR demonstrated to be a good alternative for the diagnosis of COVID-19; in addition, this PCR was used adequately in suspicion of COVID-19, allowing it to control the number of false-negatives.

Búsqueda de infección por Hepatitis B en familiares de portadores crónicos de la provincia de Huanta, Ayacucho -Perú / Search of Hepatitis-B infection in relatives of chronic carriers in the province of Huanta, Ayacucho, Peru

RESUMEN Un plan de eliminación del virus de hepatitis B (HBV) es factible porque la inmunización ha tenido buen impacto, tal como ha sucedido en la provincia de Huanta en Perú. El objetivo de nuestro estudio fue determinar la frecuencia de la infección por HBV en familiares de portadores del antígeno de superficie del virus de la hepatitis B (HBsAg). Este estudio transversal incluyó a 39 familiares de portadores crónicos, identificados en el Hospital de Apoyo de Huanta. Se recolectaron datos sociodemográficos y muestras de sangre. La frecuencia total de infección por HBV fue de 10,3 % y la mayoría correspondía a infección crónica (7,7 %). Una tercera parte tenía antecedentes de infección por HBV. Los miembros de la familia con infección por HBV fueron mayormente adultos alcohólicos y no vacunados. En conclusión, encontramos una alta frecuencia de HBV en familiares de portadores de HBsAg, esta estrategia ayudaría a identificar portadores crónicos que pueden ser tratados y contribuir a un plan de eliminación de HBV.

ABSTRACTS A plan of elimination of the virus of B hepatitis (HBV) is feasible because the immunization has had good impact, as it has been documented in the province of Huanta in Peru. The objective of our study was to determine the frequency of the infection by HBV in relatives of carriers of the surface antigen of the virus of hepatitis B (HBsAg). This cross-sectional study included 39 relatives of chronic carriers, identified at Hospital de Apoyo de Huanta. Sociodemographic data and blood samples were collected. The total frequency of infection by HBV was 10.3%, and the majority corresponded to chronic infection (7.7%). One third had a history of infection by HBV. The family members with HBV infection were mainly adult alcoholics who had not been vaccinated. In conclusion, we found a high frequency of HBV in relatives of carriers of HBsAg. This strategy would help identify chronic carriers that can be treated and to contribute to a plan for the elimination of HBV.